A matéria que constitui os componentes dos ecossistemas é constantemente reciclada. Os átomos de nitrogênio, hidrogênio, oxigênio e carbono, entre outros, têm movimento cíclico nos ecossistemas. Fala-se então em ciclo da matéria.
Os ciclos da matéria são os ciclos biogeoquímicos. Para que ocorram a ação dos decompositores é de fundamental importância, pois eles são os responsáveis pela degradação da matéria orgânica e devolvem os materias degradados ao solo, à água e ao ar para serem utilizados novamente.
O ciclo do carbono
Todas as moléculas orgânicas dos seres vivos (carboidratos, proteínas, lipídios, ácidos nucléicos) possuem átomos de carbono nas suas composições. A atmosfera é o maior reservatório de gás carbônico (esse gás também se encontra dissolvido na água dos ecossistemas aquáticos). Através da fotossíntese, os vegetais absorvem CO2 e com ele produzem alimento orgânico. Por meio das cadeias alimentares, o carbono "orgânico" é incorporado pelos herbívoros, e deles transferidos aos carnívoros. Todos esses organismos, ao respirar, devolvem gás carbônico para o ar ou para a água. Os decompositores que degradam os resíduos e os cadáveres de animais e vegetais, também fabricam gás carbônico, que volta ao ciclo. Tanto a queima de lenha como a de combustíveis fósseis (derivados de petróleo) liberam gás carbônico. No segundo caso trata-se de carbono que ficou soterrado durante milhões de anos, sem participar nesse tempo todo dos ciclos da matéria, e que está sendo agora devolvido aos ecossistemas.
Ciclo do nitrogênio
O nitrogênio é um elemento presente nas moléculas de aminoácidos, unidades das proteínas, e nas bases nitrogenadas, componentes dos ácidos nucléicos.
78% do ar atmosférico é composto por gás nitrogênio (N2), sendo o grande reservatório desse elemento na natureza; apesar disso, a grande maioria dos seres vivos não consegue utilizar diretamente esse gás e incorporá-lo às suas moléculas orgânicas. Apenas algumas poucas espécies de bactérias conseguem retirar o nitrogênio do ar, transformando-o em substâncias utilizáveis pelos organismos vivos ou então retirando o nitrogênio das substâncias orgânicas e devolvendo-o à atmosfera para fechar o ciclo. A vida na Terra não seria possível sem esses microorganismos.
Bactérias fixadoras de nitrogênio (principalmente do gênero Rhizobium) e cianobactérias (antigamente denominadas algas azuis), que vivem na água, no solo ou em associação com raízes de leguminosas, absorvem o nitrogênio gasoso (N2), tranformando-o em amônia (NH3). Alguns vegetais, incluindo as leguminosas, utilizam a amônia diretamente para a produção de proteínas e ácidos nucléicos. Pela cadeias alimentares, as proteínas vegetais podem ser transferidas para os animais. A excreção animal libera resíduos nitrogenados, como a uréia, o ácido úrico e também a amônia; além disso, a morte de animais e de plantas origina também resíduos nitrogenados. Esses resíduos são degradados pelos decompositores, que produzem amônia.
A amônia poderá seguir três caminhos: poderá ser utilizada diretamente pelas plantas, como já vimos; porém a maioria da amônia do solo será transformada em nitritos por bactérias nitrificantes e depois em nitratos, que ficam no solo e na água. Os nitratos podem ser absorvidos pelos vegetais, que os utilizam para a produção de proteína vegetal e ácidos nucléicos. Um terceiro caminho possível para a amônia é a sua absorção por bactérias desnitrificantes, que a transformam em nitrogênio gasoso (N2) e devolvem esse gás para a atmosfera. Parte dos nitratos também é absorvida por bactérias desnitrificantes e também são transformados em gás nitrogênio que é devolvido à atmosfera, fechando o ciclo.
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