O sistema moderno de classificação foi criado em 1969 por R. H. Whittaker e distribui os seres vivos em cinco grandes reinos: Monera, Protoctista, Fungi, Metaphyta e Metazoa.
Reino Monera - Compreende todos os organismos unicelulares, procariontes. Podem ser autotróficos ou heterotróficos. É formado pelas bactérias e pelas cianobactérias (cianofíceas ou algas azuis). Há algumas décadas, os biólogos descobriram que entre os monera havia dois grupos bem distintos e pouco relacionados filogeneticamente. Desta forma o Reino Monera foi dividido em dois sub-Reinos: Archaea (arqueobactérias) e Eubacteria (eubactérias).
Reino Protoctista (antigamente chamado Protista) - Inclui protozoários, seres unicelulares, eucarióticos e heterótrofos e as algas, seres uni ou multicelulares, eucarióticos e autotróficos. Atualmente os mixomicetos, anteriormente classificados como fungos, estão incluídos no reino Protoctista. Por se tratar de um grupo que reúne organismos com origens evolutivas muito diferentes, alguns biólogos criticam a sua existência e defendem sua separação em diversos reinos. Isso mostra que essa divisão dos Reinos em cinco grupos deverá sofrer mudanças num futuro próximo.
Reino Fungi - Inclui os fungos, seres uni ou multicelulares, eucarióticos, que se assemelham às algas na organização e na reprodução, mas que diferam delas por serem heterótricos por absorção.
Reino Plantae - Reúne as plantas, seres multicelulares, eucarióticos e autotróficos fotossintetizantes. Possuem células diferenciadas, que formam tecidos bem definidos. Musgos, samambaias, pinheiros e plantas frutíferas são seus representantes.
Reino Animalia - É formado por seres multicelulares, eucarióticos e heterotróficos. Este reino abrange todos os animais, desde os poríferos até os mamíferos.
O esquema abaixo mostra uma possível relação de filogenia existente entre os cinco reinos.